أكدت الانتخابات الرئاسية في 22 سبتمبر 1999م مجدداً أن التداول السلمي للسلطة أصبح ركناً أساسياً من أركان النظام السياسي للجمهورية اليمنية، كما مثلت المحطة الأهم في مسار الديمقراطية باعتبارها أول انتخابات في اليمن والمنطقة يصل من خلاله رئيس الدولة إلى كرسي الرئاسة عبر صناديق الاقتراع .

وأكد المراقبون الدوليون على نزاهتها وشفافيتها رغم حملات التشكيلات التي صاحبت العملية الانتخابية بهدف النيل من التجربة الديمقراطية اليمنية. وبلغة الأرقام فقد تقدم للترشيح للانتخابات الرئاسية (24) مواطناً يمثلون مختلف فئات المجتمع (حزبين ومستقلين).
وحظي بتزكية مجلس النواب لخوض الانتخابات التنافسية على منصب رئيس الجمهورية مرشحان فقط هما :

1- الأخ علي عبد الله صالح مرشح المؤتمر الشعبي العام، والتجمع اليمني للإصلاح، والمجلس الوطني للمعارضة. 
2- الأخ نجيب قحطان الشعبي مرشحاً مستقلا ً. 

3-نتائج الانتخابات الرئاسية -- عدد المسجلين في جداول الناخبين (5,600,119) ناخباً. -أجريت عملية الاقتراع في 22 سبتمبر 1999م .
-- فيما بلغ إجمالي الذين أدلوا بأصواتهم (3,772,941) ناخباً -بلغت نسبة المشاركة في هذه الانتخابات 67.37% . 
4-الأصوات التي حصل عليها المرشحون: حصل الأخ علي عبد الله صالح على (2.583.795) صوتاً بنسبة (96.3%). حصل الأخ نجيب قحطان الشعبي على (141.433) صوتاً بنسبة (3.8%). واستناداً إلى هذه النتيجة فقد فاز بمنصب رئيس الجمهورية الأخ علي عبد الله صالح لحصوله على الأغلبية النسبية من أصوات الناخبين . وخلال تلك الانتخابات اتخذت اللجنة العليا للانتخابات جملية من التدابير لتسهيل عملية الاقتراع فكانت اليمن دائرة واحدة وفقاً للقانون تشمل (301) دائرة نيابية .
تجهيز (2327) مركزاً انتخابياً لاستقبال الناخبين . أدار العملية الانتخابية أكثر من 53 ألف شخص . 707 مراقبين محليين يمثلون منظمات المجتمع المدني. 22 مراقباً يمثلون المنظمات العربية والدولية والسفارات الأجنبية.
239 من الصحفيين والكتاب الذين يمثلون وسائل الإعلام العربية والدولية والمحلية.