دعا فضيلة الشيخ محمد بافضل المسلمين إلى الإلحاح والإكثار من الدعاء والابتهال والتضرع والانكسار لله عز وجل ليفرج على المسلمين ما أصابهم وألم بهم من مصائب ومشاكل في دينهم ودنياهم.
وقال الشيخ بافضل في خطبة الجمعة بجامع عمر بالمكلا : إن الدعاء هو العبادة لما فيه من التذلل والتضرع والإخلاص لله تبارك وتعالى . منوها إلى الشروط الواجب توافرها لقبول الدعاء المتمثلة في حلّية المأكل والمشرب وعدم الدعاء بالإثم وقطيعة الأرحام، وحث المسلمين على الابتعاد عمّا يحجبهم من الارتباط بالله عز وجل بسبب المعاصي والذنوب وأمراض القلوب المنتشرة في مجتمعنا بكثرة مثل الحسد والغيبة والنميمة مما تجلب البغضاء والعداوة بينهم.